Конзерваторско-рестаураторска делатност се у почетку одвијала преко препараторско-конзерваторске радионице НМУ, уз ангажовање специјализованих радионица других установа. Средином деведесетих година XX века и пријемом нових стручњака, конзерваторска делатност се проширила и организовала у оквиру три радионице, и то:
- радионице за метал, археолошко дрво, кост, стакло и камен,
- радионице за керамику, текстил и кожу
- радионице за иконопис и штафелајно сликарство.
Поред рада на заштити музејских предмета, конзерватске радионице НМУ пружају услуге и другим установама културе, Српској православној цркви и појединцима.